Der hölzerne Altaraufbau wurde bereits 1662/63 von Johann Steinell in Diepholz für die Stadtkirche in Glückstadt gefertigt. Im Jahr 1701 wurde er für die Christkirche erworben, verändert und von Hans Pahl erstmals staffiert. Die Reliefs zeigen biblische Szenen (Abendmahl, Auferstehung und Himmelfahrt) und führen dem Betrachter den Weg der Erhöhung Jesu zum Salvator Mundi vor Augen.
Die Kanzel entstand im Jahr 1696. Der reich verzierte Korb wird getragen von der Figur des Mose als Verweis auf das Alte Testament. Die Apostelfiguren und die Figur des Christus an Kanzel und Treppe verweisen auf das Neue Testament. Gemeinsam umgeben sie die Pastores während der Predigt.
Die Herrschaftslogen bilden das räumliche Gegenüber zur Kanzel. Mit geschnitzten Wappen, Putten und Schildern mit den Initialen Frederiks IV. (1699–1730) und seiner Gemahlin Luise, geb. Prinzessin von Mecklenburg‐Güstrow († 1712) verziert, ist die Nutzung der Königsloge der dänischen Königsfamilie vorbehalten. Daran an schließt im hinteren Teil die Hofloge („Ritterstuhl“). Darunter liegend befinden sich die Logen des Amtmannes, des Festungskommandanten und des Generalsuperintendenten.
An den Festungskommandanten und Amtmann Generalmajor Andreas von Fuchs erinnert das große Epitaph an der Nordseite des Ostflügels. Es zeigt Fuchs umgeben von Kriegstrophäen. Rechts unterhalb des Epitaphs befindet sich der Eingang zur Gruft, in der Fuchs († 1720) mit seinen beiden Ehefrauen Christina und Johanna Sophie ruht.
Die großen Ölgemälde oberhalb der Emporen zeigen Marcus Müller, Pastor an der Christkirche von 1700–1733, und Johann Friedrich Leonhard Callisen, von 1805 an Pastor und seit 1811 Propst der Propstei Rendsburg. In der jüngeren Geschichte wirkte von 1925–1945 mit dem Pastor und nachmaligen Itzehoer Propst Johann Bielfeldt einer der maßgeblichen Vertreter der Bekennenden Kirche in Schleswig-Holstein an der Christkirche. Von 1941–1949 war Dr. Elisabeth Haseloff als Pfarrvikarin in der Christkirchengemeinde tätig. Im Jahr 1958 wurde sie in Lübeck zur ersten evangelisch-lutherischen Pastorin in Deutschland ernannt.
Auf die Funktion der Christkirche als Garnisonkirche weisen neun Gedenktafeln hin, die an Soldaten aus der Gemeinde erinnern, die in Kriegen zwischen 1848 und 1945 gefallen sind. Die Namen der im I. Weltkrieg gefallenen Soldaten aus der Christkirchengemeinde sind in einer großen Gedenktafel im westlichen Seitenschiff erfasst. Zur Erinnerung an die Opfer des II. Weltkrieges wurde 1988 eine schlicht gehaltene Gedenktafel angebracht. Die den Altar prägende österliche Botschaft der Todesüberwindung („Tod, wo ist dein Stachel?“ 1. Korinther 15,55), die Gebotstafeln des Mose („Du sollst nicht töten.“ 2. Mose 20,13) und die Erinnerung an die Todeswirklichkeit innerhalb dieser Welt treten so in einen Dialog, der auch in der Gegenwart zur kritischen Besinnung herausfordert. Eine solche hat Pastor Dr. Johann Hinrich Claussen, Kulturbeauftragter des Rates der EKD, anlässlich des Tags des offenen Denkmals am 9. September 2018 hörbar gemacht. An diesem Tag feierte die Christkirchengemeinde einen Gottesdienst, in dem sie an das Ende des Ersten Weltkrieges vor 100 Jahren in Wort und Musik erinnerte. In seiner Predigt widmete sich Dr. Claussen den Gefallenendenkmälern und brachte behutsam unterschiedliche Aspekte zur Sprache, wie wir sie heute verstehen können. (Bei Interesse an dieser Predigt wenden Sie sich bitte an Pastorin Boysen.)
Weitergehende Informationen zu den Gedenktafeln enthält ein seit Mai 2019 vorliegender Aufsatz von Frau Gehl-Marzinzik, der in der Kirche ausliegt.